Los mieszkańców Ochotnicy Górnej do końca XIX wieku był bardzo ciężki, nawet na tle powszechnej biedy ówczesnych wsi góralskich. Wielu z nich, nie mając środków do życia, najmowało się do bogatszych gospodarzy lub mieszczan z Nowego Targu. Trwała emigracja zarobkowa, zarówno na Węgry, jak i do Ameryki.
W 1909 r. w Ochotnicy Górnej powstał pierwszy kościół drewniany, a w roku 1925 erygowano tu osobną parafię.
Ostateczne granice dzisiejszej Ochotnicy Górnej ustaliły się w latach międzywojennych, kiedy to w ramach reformy administracyjnej państwa podzielono wieś Ochotnicę na dwie części – Górną i Dolną. W wyniku tego podziału w granicach Ochotnicy Górnej znalazł się teren dawnego Babieńca, obszar Ustrzyka oraz tereny pasterskie (hale i polany) należące do mieszkańców Ochotnicy Dolnej ale położone w górnej części doliny Ochotnicy.
Podczas II wojny światowej Ochotnica stała się jedną z najbardziej patriotycznie nastawionych wsi w regionie. Nie znalazła tu odzewu próba zjednania sobie górali przez niemieckiego okupanta, w ramach tzw. „Goralenvolk”.
Niemiecka okupacja Ochotnicy niosła ze sobą terror wymierzony we wszystkich mieszkańców. Jako pierwsi przekonali się o nim ochotniccy Żydzi. Według spisu z 1941 roku, w obydwu częściach wsi mieszkało 19 rodzin żydowskich – łącznie 227 osób. Na przestrzeni 1942 roku gestapowcy dokonali w Ochotnicy i Tylmanowej szeregu mordów na miejscowych Żydach, których rozstrzeliwano na oczach ich rodzin i góralskich sąsiadów. Pomordowanych grzebano w zbiorowych mogiłach, znajdujących się do dziś na terenie Ochotnicy i Tylmanowej. Pozostałym żydowskim mieszkańcom Ochotnicy nakazano zbiórkę w dniu 30 sierpnia 1942 roku, a następnie zapędzono ich do Nowego Targu, gdzie zostali rozstrzelani bądź wywiezieni do komór gazowych w Bełżcu. Z całej przedwojennej społeczności Ochotnicy wojnę przeżyło najprawdopodobniej 9 osób, spośród których 5 było ukrywanych przez góralskich sąsiadów w różnych częściach wsi, głównie w lasach i kolibach.
Represje spotkały też mniejszość romską. Wielu z nich wypędzono po czym błąkali się po okolicznych wsiach, szukając pomocy u pobratymców. Część z nich znalazła schronienie w Ochotnicy, kilka rodzin zamieszkało też w Tylmanowej.
Ochotnica Górna podczas II wojny światowej stała się ostoją działań partyzanckich. Od wiosny 1944 r. do stycznia 1945 r. we wsi kwaterował jeden z najsilniejszych oddziałów Armii Krajowej – IV batalion 1 Pułku Strzelców Podhalańskich AK dowodzony przez kpt. Juliana Zapałę „Lamparta”. W dniach 18-20 października 1944 r. żołnierze batalionu stoczyli serię potyczek z oddziałami niemieckimi, które dążyły do rozbicia zgrupowania partyzantów w Ochotnicy, w tym do likwidacji partyzanckiego obozu mieszczącego się wówczas w osiedlu Skałka. Walki te przeszły do historii pod nazwą „Bitwy Ochotnickiej”, są uważane za największą bitwę partyzancką w okupowanej Polsce.
18 grudnia 1944 r. u źródeł potoku Jaszcze, pod przełęczą Pańska Przehybka, rozbił się amerykański bombowiec B-24 J Liberator o imieniu własnym „California Rocket”.